《洞洞杂货店》是一部奇幻日常漫画，讲述大学生顾小河继承外婆留下的街角杂货店后，发现店里每一件看似平平无奇的商品——过期的罐头、褪色的发卡、掉漆的八音盒——都连通着一个个微缩异世界。顾客只要触摸商品，就会瞬间被拉入对应的奇幻空间，完成一段奇遇后再带着“纪念品”返回。顾小河在经营过程中认识了神秘的“货品调律者”白夜，两人一起应对各种失控的商品暴动，也逐渐揭开了杂货店作为“世界缝隙枢纽”的古老使命。
异界裂缝突然扩大，顾小河与白夜用外婆留下的“调和针”缝补了裂口。白夜告诉他，自己就是上一任店主留下的守护灵，而顾小河的外婆从未离开，她一直活在杂货店的每一道木纹里。
一名老顾客触摸八音盒后进入永远飘雪的世界，那里有他年轻时辜负的恋人。他在雪中道出迟来的歉意，恋人化成雪花拥抱他，回到现实后他笑着哭了。
一位女高中生触摸旧发卡后被吸入一片四季逆转的花海，遇见了一只会说话的猫。猫告诉她，这片花海是她去世的奶奶生前最爱的庭院，女高中生在花海里找到了奶奶留给她的信。
货架上一批过期罐头突然同时发光，释放出大量微型史前生物，把杂货店变成了侏罗纪盆景。顾小河和白夜手忙脚乱地用吸尘器回收了所有生物，累瘫在地板上。
白夜第一次在顾小河面前展露能力，他用一根银针轻点货架，所有躁动的商品瞬间安静。白夜说：“这家店需要一位懂它的人，而你还差一点点觉悟。”
顾小河第一次触摸一个生锈的铁盒，瞬间跌入一片荧光森林，森林里的蘑菇会唱歌。他在那里找回了一颗自己五岁时丢失的玻璃弹珠，回到现实后弹珠竟真的出现在手心。